ニコニコ動画には3種類のファイル形式の動画がアップロードされています。FLV,MP4,SWFの3種類です。

ニコニコ動画から動画をダウンロードするのに利用するソフトウェアなどによっては、この3種類の動画がすべて同じ拡張子(FLV)でダウンロードされる場合があります。
GOM Playerは動画を再生する際に動画の拡張子は判別していません。そのため、実際はMP4の動画であっても拡張子がFLVになっていても再生が可能です。

しかし、GOM PlayerはSWFファイルはFLVやMP4ファイルのように取り扱って再生することができないため、ニコニコ動画の一部の動画だけは他のファイルと異なる取扱いになる場合があります。
このようなファイルは、恐らくは下記FAQに記載しておりますSWFファイルの再生制限があるものと考えられます。これはファイルに問題があるのではなく、拡張子がFLVであっても実際はSWFファイルであるためのものになり、GOM Playerの設定変更等により解消することができません。

SWFファイル再生時の操作制限について